如何选择适合的滤膜，主要取决于滤膜与所过滤的流体（水性溶液or有机溶液or两性溶液）之间的化学相容性。
1) 尼龙膜和亲水PTFE膜，由于其广泛的化学相容性，主要应用于HPLC相关的过滤中。可用于水性溶液和有机溶液的过滤。
2) 亲水PVDF和PES膜，由于其低蛋白吸附特性，主要用于蛋白溶液的过滤。也可用于温和的有机溶液过滤。
3) 疏水PTFE膜，由于其广泛的化学相容性，主要用于有机溶液的过滤。
4) MCE膜，主要用于水性溶液的过滤和分析监测。